Para aumentar a segurança em sistemas operacionais Windows é necessário seguir algumas dicas simples:
Use partições com o sistema de arquivos NTFS:
O NTFS é o sistema de arquivos recomendado porque é mais potente que a FAT ou FAT32 e inclui recursos necessários para hospedagem do Active Directory, além de outros recursos importantes de segurança. Você só pode usar recursos como o Active Directory e segurança baseada em domínio se escolher o NTFS como seu sistema de arquivos. Para fazer a conversão de FAT para NTFS siga esse tutorial do site Boadica.

Coloque permissões em Pastas compartilhadas:
1. O Compartilhamento simples de arquivo deve estar desativado. Clique em Iniciar > Painel de controle > Aparência e temas > Opções de pasta.
2. Clique na guia “Exibir”. Role para o fim da lista de configurações avançadas e desmarque a caixa de seleção “Usar compartilhamento simples de arquivo (recomendável)”. Clique em “OK”.

Clique em Iniciar > Meu computador e localize o arquivo ou pasta que você deseja proteger.
4. Clique com o botão direito do mouse na pasta compartilhada que você deseja proteger e clique em “Compartilhamento e segurança”.
5. Na guia “Compartilhamento’, clique em “Permissões”.

Remova o grupo “Todos” para evitar acesso não autorizado. Clique no grupo “Todos” e clique em “Remover”.

Clique em “Adicionar” para selecionar quais usuários podem acessar a pasta.
8. Na caixa de diálogo “Selecionar usuários ou grupos”, clique em “Tipos de objeto”.
9. Desmarque as caixas de seleção “Segurança interna principal” e “Grupos” e clique em “OK”.

10. Clique em “Avançado”.
11. Clique em “Localizar agora”.
12. Clique para realçar os usuários que você deseja que tenham o acesso permitido à pasta. Depois que os usuários estiverem selecionados, clique em “OK”.
13. Cada usuário da lista de permissões precisa ter o tipo correto de acesso. Clique duas vezes em um usuário e desmarque a caixa de seleção “Permitir” ao lado de “Controle total”. Depois, escolha se você quer que o usuário tenha acesso para “Alterar” e “Ler” ou apenas para “Ler”.
14. Clique em “OK” depois que as permissões tiverem sido definidas. Clique em “OK” novamente para fechar a caixa de diálogo “Permissões”.
Observações:
Texto original do site Clube do Hardware.
Ative o firewall do Windows:
O firewall é importante para termos o controle das informações que “entram” e “saem” da máquina abrindo e fechando as portas de conexão, possibilitando somente o tráfego das informações que queremos.
Para habilitar o firewall do Windows siga as instruções do site da Microsoft.

Não deixe a senha do Usuário padrão “Administrador” em branco:
O Windows tem o usuário “Administrador” habilitado por padrão, não podemos deixar esse usuário com total poder sobre a máquina com a senha em branco. Para alterar essa senha, vá em Iniciar > Executar, digite “cmd” (sem aspas) <enter>.
Na tela de prompt digite:
net user
Irá retornar os usuários existentes na máquina, procure o usuário “Administrador” ou “Administrator”. Agora digite:
net user Administrador *
Coloque uma nova senha e pronto.
Instale um antivírus:
A utilização de um antivírus nos dá uma proteção extra com as “pragas” virtuais. Procure deixá-lo sempre atualizado, se possível faça-o diariamente. Recomendo a utilização do Antivir por ser leve, gratuito, possibilita atualização automática e ter uma base sempre atual.

Instale um antispyware:
Spyware, por definição, é todo programa que captura informações do usuário sem seu conhecimento. Para nos proteger recomendo a instalação do SpywareBlaster por ser leve, gratuito e possibilita a atualização de sua base.

Mantenha seu Windows sempre atualizado:
Para diminuirmos as vulnerabilidades existentes no sistema, habilite a atualização automática do windows.
Vá em Iniciar > Painel de controle > Sistemas. Na aba “Atualizações Automáticas”, marque a caixa próxima a “Manter meu computador atualizado”.
Escolha uma configuração. Recomendamos a escolha de “Fazer o download automático das atualizações e instalá-las de acordo com a agenda especificada”.
Se você escolher a opção para baixar e instalar as atualizações automaticamente, selecione um dia e um horário em que o computador esteja ligado para que o processo de instalação possa ser concluído.

Obs.: Recomendo uma atualização diária.
Desative a conta “Convidado”:
Vá em Iniciar > Painel de controle > Contas de usuário.
Clique em “Gerenciar contas de usuário”. Se você for solicitado a informar uma senha de administrador ou sua confirmação, digite a senha ou forneça a confirmação.
Agora clique na guia “Avançada”, clique em “Avançado” e depois clique em “Usuários”.
Clique duas vezes em “Convidado”.
Na caixa de diálogo “Propriedades do convidado”, marque ou desmarque a caixa de seleção “Conta desativada”.